Malgré sa bonne volonté, Élise fut obligée d'abandonner toute activité paroissiale à partir de 1961, soit trois ans avant son décès.
Deux ans plus tôt, en 1958, elle confia ces détails à une amie :
Début mars 1964, elle fut emmenée en urgence à l'hôpital d'Auxerre, pour une dernière fois. Elle y décédera entre les bras de sa mère le jeudi 9 avril, vers 18h.
Neuf ans plus tard, en avril 1979, sa mère révèle qu'Élise avait prédit sa propre mort. Répondant à Victoria, l'amie très fidèle d'Élise qui chaque année lui écrivait une lettre du souvenir, elle relate :
Ce sont aussi les années des très beaux textes d'Élise, notamment sa chanson pour les jeunes mariés :
Et dans sa dernière lettre à son père spirituel, l'abbé Générat elle disait :
Élise est morte accompagnée d’une réputation notoire de sainteté. Pour la découvrir il suffit de consulter la section dédiée à son procès de béatification.
Levée du soleil sur Mailly-le-Château